NextGENe软件是分析Illumina® iSeq、Miniseq、MiSeq、NextSeq、HiSeq和NovaSeq系统、Ion Torrent Ion GeneStudio S5、PGM和Proton系统以及其他平台产生的桌面测序数据的完美分析伙伴。

NextGENe软件在Windows®操作系统上运行，提供生物学家友好的点击界面。它不需要脚本或其他生物信息学支持。

NextGENe软件在一个独立的多应用程序包中采用了独特的特定于平台的技术。NextGENe软件包含以下分析模块：

SNP/Indel检测

•    胚系

•    体细胞

•    外显子组捕获、全外显子组测序(WES)

•    全基因组测序(WGS)

NextGENe显示紫色背景的SNP。NextGENe软件的准确率高达99%，能够检测读取长度以内的indel，并能快速审查DNA变异、核苷酸和氨基酸。可使用全基因组参考文献或使用GenBank或fasta文件的目标区域完成比对和变异检测。序列比对项目完成后，系统会自动生成交互式变异报告，提供详细的变异和注释信息。报告还包括大量过滤选项、变异可信度评分、多重分析比较功能、到dbSNP的超链接、通过dbNSFP进行致病性预测的附加跟踪，以及包括ExAC、gnomAD和NHLBI GO外显子组测序项目(ESP)在内的自定义数据库导入。

结构变异分析（包括融合基因检测）

NextGENe的结构变化报告是一个交互式工具，用于显示每个检测到的结构变异（SV）的两个断点。

基于家庭和Trio的比较

变异比较工具，比较3个样本。将显示每个样品的报告表和对齐视图。

肿瘤与正常的比较

拷贝数变异(CNV)检测和MLPA样筛查的替代方案

从头组装

转录组；选择性剪接分析和转录表达水平

ChIP-Seq、数字基因表达(DGE)、miRNA分析和定量以及宏基因组学

NextGENe软件是在生物学家友好的Windows®环境中设计的，显着减少了对额外生物信息学资源和成本的需求。NextGENe软件利用基于64位Windows操作系统的低成本硬件。