基于实概率打分算法，显著性统计结果评估及Percolator大规模数据集结果优化算法
Mascot 计算得到的概率值描述了实验数据与质谱分析被选出的多肽或蛋白质所得到的数值之间可观察到的匹配的随机性。而正确的匹配，及非随机事件，则具有很低的概率值。
基 于实概率的打分方法作为识别和避免假阳性出现的关键，同时也是实现自动化分析的重要前提。只有通过建立一定的打分尺度和规则，基于规则的软件系统才能直接 判断所得出的每个鉴定结果是否可靠。而Mascot Percolator则为大规模蛋白质组学鉴定提供了优化的质量控制算法，同时通过灵活的FDR调节功能可以极大的改善大规模组学鉴定结果。

上图为Mascot打分得到匹配肽段和蛋白的柱状图。计分公式为-10*Log(P), 其中P是一个概率值，表示了被观察到的匹配的随机性。如果分值落在绿色阴影区就表示是随机匹配，而正确的肽段匹配分值需要大于22。

上图为Mascot 为大规模蛋白质组学鉴定提供的Percolator算法选项和FDR控制面板，用户可以选择使用Percolator算法来优化搜库结果，同时可以调节FDR阈值来查看结果的变化。

搜索任何蛋白质、EST或DNA数据库智能、自动化的数据库管理模块


Mascot支持蛋白质、EST或DNA序列的fasta数据库搜库功能，自动地将核酸序列翻译为氨基酸序列进行蛋白质的匹配，同时支持多个不同数据库联合搜库功能，快速鉴定包含各类蛋白信息的质谱谱图。
Server 2.7 提供了智能化的fasta数据库文件扫描功能，方便的批量导入来源于各大蛋白质数据库的fasta序列文件，同时能够在线自动更新序列库，省却更新烦恼。而向导式数据库构建模块能够快捷地新建各种自定义数据库。

功能强大的后修饰及定量方法管理模块
能够快速的浏览、编辑、新建各种翻译后修饰类型和定量方法，大大便利质谱方法学工作者的日常研究。



交联肽段鉴定功能
在新版的搜索界面添加了Crosslinking Method选项，用于设置交联肽段分析的具体方法参数。而相应的搜索结果会被导入xiView。
搜索的交联肽段主要有如下四种形式：
● Intralinks：参与交联的肽段均来自同一蛋白
● Interlinks：参与交联的肽段均来自不同蛋白
● Looplinks：互相联接的氨基酸存在于同一肽段上
● Monolinks：交联剂的一端与肽段相连，另一端游离
以下截图展示的是一对交联肽段的Peptide view结果示例。

Windows系统的桌面客户端——Mascot Daemon的应用
在Windows操作系统中，Mascot提供了一个批量上传搜库任务的桌面客户端，能够保存各类搜库参数和工作任务。在2.7新版本中，具有导出和导入工作任务数据库的功能，不需担心在软件升级后，原有的工作任务列表丢失。IIS构架上运行Mascot对上传文件大小4GB的限制
●批量递交搜库任务：可以同时递交一系列的搜库文件进行同时、队列或者定时的搜库；
●实时监控任务进程：当任务递交后，能够随时监控其搜库的进度；
●建立灵活的队列任务：能够对同一质谱文件进行多参数的多轮队列搜库；
●和Distiller联用可以批量进行所有类型的质谱原始文件搜库。